中國中醫科學院中藥研究所始建于1955年，是我國成立最早的一所國家級研究中藥的專門機構。自1983年起被確認為世界衛生組織傳統醫學合作中心。我所屠呦呦研究員由于發現青蒿素，2011年被授予拉斯克臨床醫學研究獎，2015年獲得諾貝爾生理學或醫學獎和哈佛大學醫學院華倫●阿爾波特獎，2016 年獲得國家最高科學技術獎。2019年，屠呦呦研究員在“建國七十周年大慶”前夕，因為為人類健康和中醫藥科技創新做出了重要貢獻而被授予“共和國勛章”。
中藥研究所經過六十六年的科學研究實踐，培養造就了一批從事文獻、中藥資源及品種鑒定、化學、分析、炮制、制劑、藥理、毒理和新藥研發的科技骨干。全所現有職工500余人，設有中藥理論與本草文獻研究中心、生藥研究中心、中藥化學研究中心、分析化學研究中心、中藥制劑研究中心、中藥炮制研究中心、中藥藥代動力學研究中心、中藥藥理研究中心、生物力藥理學研究中心、中藥安全評價中心（GLP）、 中藥注射劑安全性研究中心、中藥新藥研發中心、中藥生物技術研究中心、中藥數據中心、整合中藥學研究中心、霧化吸入制劑研究中心和期刊部，以及掛靠管理單位中國中醫科學院中藥資源中心、中國中醫科學院青蒿素研究中心。全所現有1個國家工程實驗室，1個北京市重點實驗室，2個國家中醫藥管理局重點研究室，5個國家中醫藥管理局三級中醫藥實驗室，4個國家中醫藥管理局重點學科等。主辦國家級學術期刊《中國實驗方劑學雜志》和《基層中醫藥》，承辦國家級學術期刊《中國中藥雜志》。設有中藥學、中西醫結合基礎碩士研究生、博士研究生培養點及中西醫結合基礎、中藥學博士后流動站。
中藥研究所構建了中藥理論、中藥產業關鍵技術、中藥創新藥物關鍵技術等完善的中藥基礎和應用基礎研究、中藥新藥研發的技術平臺。中藥理論研究重點進行中藥藥性理論、方劑配伍原理、炮制原理等研究。中藥產業關鍵技術研究主要圍繞中藥產業發展中的瓶頸問題，重點進行中藥鑒別與質量控制、中藥炮制、中藥制藥工程化以及中藥資源的可持續利用等研究，為中藥產業現代化提供技術支撐。中藥創新藥物關鍵技術研究主要圍繞中藥新藥創制的核心環節，重點進行中藥信息與數據挖掘、活性篩選與藥效評價、化學提取與分析、中藥制劑、中藥代謝、藥理、毒理及安全性評價等共性關鍵技術的研究。目前承擔國家自然科學基金重點課題、國家科技支撐計劃課題、國家重大新藥創制專項、國家重點研發計劃等項目260項。已獲科研成果獎項354項，其中國家級獎項27項；開發新藥33個，出版中醫藥著作257部，發表論文5910余篇。
近年來，中藥研究所在高水平論文發表、成果獲獎、項目經費、新藥研發、企業服務、人才引進、國際合作、環境設備升級等方面均取得了長足的發展。近五年，在國際知名雜志The Lancet，Nature Medicine，Nature Communications，Angewandte Chemie-International Edition，The New England Journal of Medicine，Molecular Plant, Trends in Pharmacological Sciences，Nucleic Acids Res等發表SCI論文760余篇。一批高水平科研成果獲獎，其中包括國家科技進步一等獎，中國出版政府獎,中國民族醫藥協會科學技術進步獎特等獎、一等獎，中華中醫藥學會科學技術一等獎，中國中西醫結合學會科學技術一等獎，李時珍醫藥創新獎，高等學校科學研究優秀成果獎（科學技術）科技進步一等獎等，獲獎成果水平明顯提升。縱向課題經費創歷史新高，承擔國家各類重大科研項目數量穩步增長。新藥研發實現跨越式突破，金柴抗病毒膠囊、舒咽片、金草提取物、金草片、雙氫青蒿素片、黃連解毒丸、保心顆粒、檵木顆粒等獲得國家新藥臨床批件。我所全面深度參與抗新冠肺炎中藥新藥--清肺排毒顆粒和化濕敗毒顆粒研制工作。兩個抗疫新藥均已獲批上市。我所榮獲“全國科技系統抗擊新冠肺炎疫情先進集體”稱號。近年來，我所橫向服務合同額和到位經費快速增長，科研轉化能力大幅加強。從美國、英國、德國、荷蘭、日本等國際知名大學和研究機構引進一批具有海外研究背景的優秀科技人才，提高了人才隊伍國際化水平，優化梯隊結構。
與WHO、美國、奧地利、挪威等80余個國家、地區和國際組織進行科技項目合作和人才交流。我所作為WHO傳統醫學合作中心與荷蘭萊頓大學共建“中歐中醫藥及天然產物研究中心”，與奧地利格拉茲大學共建“中奧合作研究中心”，與澳門大學共建“澳門中醫藥研發中心”，與英國利茲大學共建“生物力藥理學合作中心”。現擁有600兆核磁共振等3.8億元科研儀器和設備。
