中國科學院昆明植物研究所（以下簡稱“昆明植物所”）是中國科學院直屬科研機構，是我國植物學、植物化學領域重要的綜合性研究機構。昆明植物所以“原本山川 極命草木”為所訓，旨在認識植物、利用植物、造福于民。
昆明植物所前身是靜生生物調查所和云南省教育廳于1938年7月合作成立的云南農林植物研究所。1950年4月轉屬中國科學院，更名為中國科學院植物分類研究所昆明工作站。1953年3月更名為中國科學院植物研究所昆明工作站。1959年4月，經國家科委批準，正式成立中國科學院昆明植物研究所。現任所長孫航，黨委書記李宏偉。
建所初期，昆明植物所匯集了中國眾多植物學名家學者，開啟了國人研究云南植物的先河，老一輩植物學家，不懼工作的艱辛和生活的艱苦，一心科學報國，奠下云南植物學研究的深厚基石。1963年，昆明植物所提出“花開三帶，果結八方。群芳爭妍，萬紫千紅”辦所方針，建設綜合性研究所，開發利用植物資源為國民經濟建設服務。改革開放以后，我國迎來科學的春天，昆明植物所進入前所未有的發展時期。1998年，昆明植物所作為中國科學院“知識創新工程”第一批試點單位啟動。黨的十八大以來，中國科學院提出“三個面向、四個率先”辦院方針，啟動研究所“四類機構”分類改革，2015年，昆明植物所作為“四類機構”特色研究所第一批試點單位啟動。
建所以來，昆明植物所的各項事業發展始終與國家需求緊密結合。20世紀40年代，引種美煙大金元，試種栽培證明適生性，培育優質種苗，助力云南煙草業發展；20世紀50年代，積極投身橡膠宜林地考察，確定橡膠種植適宜區，打破帝國主義對新中國的封鎖，為國家自力更生發展天然橡膠產業奠定了基礎；1956年提出建立“自然保護區”，1999年提出建設“種質資源庫”，為國家生物多樣性保護提供前瞻性、戰略性良策；2001年批準建設云南省第一個國家重點實驗室，為植物化學學科發展和西部植物資源的可持續利用提供了戰略支撐；編研《中國植物志》（中英文版）、《云南植物志》、《西藏植物志》、《中國種子植物區系地理》等專著，摸清了中國植物的家底，為植物資源持續利用打下科學基礎；研發“天麻素”、“宮血寧”、“青陽參”、“咽康舒片”、“草烏甲素”、“神衰果素片”、“鞘蕊花”、“復方SH”、“奧生樂賽特”、“燈臺葉堿”、“芬克羅酮”、“LFG-53”等一批新藥，為國家天然藥物發展做出重要貢獻；解決天麻、松乳菇、塊菌人工栽培，突破羊肚菌產業化關鍵技術，選育云南山茶、杜鵑、報春、蘭花等新品種，破譯茶樹基因組，為云南地方經濟產業發展提供支撐。
在新時期新階段，昆明植物所將牢記初心使命，心系“國家事”，肩扛“國家責”，聚焦生態文明和人民生命健康的重大需求，立足中國西南，輻射東南亞和喜馬拉雅，面向“一帶一路”沿線區域，推動學科深度交叉，提升戰略植物資源調查與評價、收集與保存、發掘與利用的創新鏈集成能力，建成國家生物多樣性研究中心、戰略生物資源儲備庫、天然產物庫、成果產業孵化基地、高級人才培養基地和知識傳播基地，成為特色鮮明、研究卓越、有重要影響力的世界一流研究機構。
昆明植物所現有在冊職工530人（崗位聘用368人、項目聘用162人），中國科學院院士2人，高級專業技術職稱人員191人，研究生指導教師113人。現有生物學和藥學2個一級學科，下設有植物學、生物化學與分子生物學、藥物化學和藥理學4個二級博、碩士培養點以及生物與醫藥和藥學2個專業型碩士培養點。在讀研究生601人，其中博士研究生243人，含留學生24人；碩士研究生358人，含留學生12人。
昆明植物所現有國家級科研平臺4個：植物化學與西部植物資源持續利用國家重點實驗室、中國西南野生生物種質資源庫、國家重要野生植物種質資源庫、植物多樣性與資源持續利用示范性國際科技合作基地；省部級科研平臺7個：中國科學院東亞植物多樣性與生物地理學重點實驗室、中國科學院天然活性小分子功能發掘工程實驗室、云南省天然藥物化學重點實驗室、云南省野生資源植物研發重點實驗室、云南省極小種群野生植物綜合保護重點實驗室、云南省真菌多樣性與綠色發展重點實驗室、天然藥物活性篩選國家地方聯合工程實驗室(云南)；建有兩個科學植物園：昆明植物園和麗江高山植物園。國家級野外臺站1個：麗江森林生態系統云南省野外科學觀測研究站。省級野外臺站2個：麗江森林生態系統云南省野外科學觀測研究站、迪慶白馬雪山高山冰緣生態系統云南省野外科學觀測研究站。
植物化學與西部植物資源持續利用國家重點實驗室收集保存單體化合物11546個，植物提取物5403份，涵蓋200多個科、610個屬、1200多種植物，是國際重要的天然產物中心之一；中國西南野生生物種質資源庫截止2021年底已保存我國本土野生植物種子10917種（達我國有花植物物種總數的36%）87863份；植物標本館（KUN）館藏標本160余萬份，是我國第二大植物標本館；昆明植物園引種栽培植物8700余種，建有國內單體面積最大的植物溫室“扶荔宮”。
昆明植物所現主辦有3個英文學術期刊：Plant Diversity (PD)、Natural Products and Bioprospecting (NPB)和Fungal Diversity (FD)。2021年，PD影響因子提升至2.528，位列Q2分區；NPB模擬影響因子提升至2.827；FD影響因子達20.372，持續保持真菌學領域第一位。三本期刊均入選2021年國際影響力TOP期刊榜單，其中FD入選“中國最具國際影響力學術期刊”（TOP 5%），PD和NPB入選“中國國際影響力優秀學術期刊”（TOP 5-10%）。
