安徽中醫藥大學創建于1959年，其前身為1952年創立的安徽省中醫進修班。1959年，安徽省政府正式批準成立安徽中醫學院。1970年，安徽中醫學院并入安徽醫學院。1975年，國家教育部批準恢復安徽中醫學院。2000年，安徽省醫藥學校并入安徽中醫學院。2011年，省政府批準在安徽中醫學院的基礎上組建成立安徽省中醫藥科學院。2013年，教育部同意安徽中醫學院更名為安徽中醫藥大學。
學校是國家中醫臨床研究基地、國家中醫藥國際合作基地、國家藥品臨床研究基地，國家博士授權單位、碩士研究生推薦免試單位。有少荃湖、梅山路、史河路、六安路四個校區，全日制在校生18194人（其中博士、碩士2673人），有17個二級院部（含3所直屬附屬醫院），7所非直屬附屬醫院。
學校現有教職工4474人，其中副高以上職稱人員961人。有國醫大師3人，岐黃學者1人，全國名中醫4人，青年岐黃學者2人，皖江學者1人，青年皖江學者3人，省特支計劃創新領軍人才9人，省杰青5人，省優青2人，國家名老中醫學術經驗項目指導教師56人，享受國務院特殊津貼27人、省政府特殊津貼12人，安徽省領軍人才團隊3個，省“115”產業創新團隊8個。有博士生導師93人，碩士生導師782人，博士后流動工作站2個。
學校現有28個本科專業，6個國家級一流本科專業建設點，10個省級一流專業建設點，8門國家級一流本科課程。有3個一級學科及1個專業學位類別（領域）博士學位授權點，6個一級學科及4個專業學位類別（領域）碩士學位授權點。有安徽省Ⅱ類、Ⅲ類高峰學科各1個，安徽省學科建設重大項目2個，國家中醫藥管理局重點學科17個，安徽省A類重點學科1個，安徽省B類重點學科12個。有國家臨床重點專科9個，國家中醫藥管理局重點專科32個。
學校以人才培養為第一要務，現有2個國家級教學團隊，26個省級教學團隊，2個國家級實驗教學示范中心，1個國家級專業綜合改革試點項目，2個國家級卓越醫生（中醫）教育培養計劃，2位國家中醫藥高等學校教學名師。獲國家級、省級質量工程項目700余項，國家級教學成果一等獎1項、二等獎3項，省級教學成果特等獎6項、一等獎16項。
學校注重學生綜合能力培養，設立大學生課外學術科技創新與創業基金和贏卓獎學金，開展“百人獲獎、千人參與、萬人受益”的大學生知識技能競賽，獲國家級A類賽事一等獎5項。學校重視實踐育人，榮獲全國大中專學生志愿者暑期“三下鄉”社會實踐活動優秀單位等榮譽稱號。學校近5年畢業生平均就業率94%。
學校大力推進科技強校戰略，近5年來，共承擔各級科研項目近2000項，其中國家級項目近200項；獲省部級以上科技獎勵64項，其中國家科學技術二等獎1項，省部級一等獎6項；發表高水平科研論文900余篇，其中中科院二區以上論文200余篇；獲授權發明專利60余項。2017年學校獲批國家重點研發計劃項目，現有12個省級科技創新團隊，30個省部級以上科技創新平臺。
學校不斷強化服務地方經濟發展能力，圍繞以中醫藥為主的科技開發和科技服務，加強與地方政府產學研合作，與黃山、亳州、六安等17個市縣人民政府及一大批國內知名中醫藥企業建有50余個產學研合作基地。建立了安徽省中藥材科技產業戰略聯盟，獲“全國科技特派員工作先進集體”、“中醫藥科技管理工作先進集體”、“推動中醫藥學術發展特別貢獻獎”等稱號和榮譽。
學校積極拓展國際教育與交流，與美國、澳大利亞、德國、希臘、馬來西亞、日本等20多個國家和地區的40多個醫療和教育機構建立了友好合作關系。在希臘設立安徽省第一個海外中醫藥中心——安徽中醫藥大學雅典中醫藥中心。先后有10多個國家和地區的學員來校攻讀博士、碩士、學士學位以及參加中短期培訓。
學校注重提升醫療服務水平，第一附屬醫院是全省最大的三級甲等綜合性中醫醫院；第二附屬醫院是全國首家也是規模最大的三級甲等針灸專科醫院；第三附屬醫院是國家第三批重點建設的中西醫結合醫院；國醫堂是一所以純中醫方式為主要醫療手段的醫療單位。
目前，學校立足“四新”建設，以中醫藥學科為主體，統籌推進中醫藥學與理學、工學、管理學、經濟學、文學類的協同發展，構建完善多學科交叉融合、相互支撐、協調發展、特色鮮明的學科專業體系。面向未來，學校將繼續堅持“質量立校、人才興校、科技強校、文化潤校、依法治校、開放榮校”六大戰略，秉持“北華佗、南新安”辦學特色，全面構筑中醫藥人才培養、科技創新、社會服務、文化傳承、對外交流高地，引領安徽中醫藥事業產業發展，建成國內有實力、省內高水平、行業有影響的中醫藥特色鮮明的地方高水平大學，為建設現代化美好安徽、服務人民大眾健康做出更大貢獻。
