始建于1975年，包含光明院區、福田院區、針灸醫院和科教中心“一院四區”，下屬機構有深圳市中醫藥研究所、深圳市國醫之窗中醫藥人才培訓中心、深圳市中藥制劑中心。醫院于1995年成為全國首批三級甲等中醫醫院; 1998年成為廣州中醫藥大學首家非直屬附屬醫院; 2012年成為廣州中醫藥大學第四臨床醫學院; 2019年成為南京中醫藥大學附屬深圳醫院; 2021年入選廣東省高水平醫院重點建設醫院。在國家三級公立醫院績效考核連續兩年獲得國家監測指標等級A+,通過國家互聯互通標準化成熟度五級乙等，是全國目前唯一通過六級電子病歷評審的中醫醫院。
醫院現有職工2500余人，其中衛生技術人員2300余人，高級職稱600余人，國家、省、市名優中醫近60人。醫院醫療設備總值超過8億元，擁有多臺科研型MRI和CT機、數字體化手術室、3D腹腔鏡、 四維高端彩超等高精尖醫療設備。目前，醫院年門急診量210萬余人次，開放床位近1000張，年出院病人4萬人次。醫院是華南區中醫肝病診療中心聯盟、深圳市中醫醫療聯盟、深圳治未病聯盟、深圳市中醫男科醫療技術專業聯盟、粵港澳大灣區中醫藥臨床傳承創新研究中心抗痛風聯盟、深圳市中醫護理區域聯盟牽頭單位。
