中國科學院上海有機化學研究所（簡稱上海有機所）是集基礎研究、應用研究和高技術創新研究為一體的綜合性化學研究機構，創建于1950年5月，是中國科學院首批成立的15個研究所之一，前身是建立于1928年7月的前中央研究院化學研究所。從開展抗生素和高分子化學的研究起步，經過70年幾代人艱苦創業、奮力拼搏，在以有機化學研究為中心的基礎研究、應用研究與高新技術開發、人才培養等方面均取得令人矚目的成就。在我國“兩彈一星”研制、“人工合成牛胰島素、人工合成酵母丙氨酸轉移核糖核酸”和“物理有機化學中的兩個基本問題：自由基化學中取代基離域參數和有機分子簇集概念”等一批攀登科技高峰的重要成果中，我所科研人員作出了重要貢獻。
根據中科院新時期“三個面向，四個率先”辦院方針要求，上海有機所戰略定位為：立足基礎交叉前沿領域，堅持重大科學問題和國家重大需求導向，發揮有機合成化學的創造性，加強與生命科學、材料科學的交叉與融合；致力于推動我國化學轉化方法學、化學生物學、有機新材料創制科學等重點學科領域的發展；在有機化學基礎研究、新醫藥農藥和高性能有機材料創制方面實現新的突破；引領有機化學學科前沿的發展，滿足國家戰略需求，服務國民經濟主戰場；將上海有機所建設成為國際一流的有機化學研究中心。
在此定位下，上海有機所努力實現三個方面的重大突破，即高性能聚烯烴材料制備的關鍵科學、技術與應用；化學理念指導的菌種改造和微生態系統構建的集成性研究與應用；高性能有機氟材料的關鍵科學、技術與應用。在實現三個方面的重大突破的同時，重點培育五個學科發展方向與發展領域：導向綠色合成的新一代催化轉化；導向藥物發現的復雜天然產物全合成和系統化學生物學研究；重要醫藥、農藥的核心制備科學、技術與應用；高性能有機功能材料的結構設計、合成與應用；含能及推進劑關鍵材料的研究與開發。
上海有機所現有2個國家重點實驗室、4個院重點實驗室，分別為：生命有機化學國家重點實驗室、金屬有機化學國家重點實驗室、中國科學院有機氟化學重點實驗室、中國科學院天然產物有機合成化學重點實驗室、中國科學院有機功能分子合成與組裝化學重點實驗室和中國科學院能量調控材料重點實驗室。此外，還有同國內外大學、企業聯合共建的，如滬港化學合成聯合實驗室、寧波新材料創制中心等多個聯合研究中心。
截止2020年底，上海有機所共獲得各種科研成果獎363項，包括國家三大獎75項，其中國家自然科學一等獎3項（其中2項為合作）、二等獎20項（其中1項為合作）；國家創造發明獎3項和國家發明二等獎4項（其中3項為合作）；國家科技進步獎特等獎3項（合作），一等獎1項（合作），二等獎12項（其中6項為合作）；獲得包括中國科學院自然科學一等獎28項在內的中國科學院各類獎145項；上海市科技成果獎92項。共獲授權專利1028項（其中國外專利49項），發表學術論文12319余篇。共有在職職工695人。包括中國科學院院士8人、研究員及正高級工程技術人員93人、副研究員及高級技術人員193人。在學研究生672人。在站博士后60人。
受中國化學會委托，上海有機所負責編輯出版《有機化學》、《化學學報》和《中國化學》（英文版）
